dmol3结构优化时如何固定晶胞形状

在石墨烯结构中选择中间的两个碳原子并删除，以创建缺陷保存结构 更改此结构的文件名称为“Dgraphene”三设置DMol3几何优化任务 打开DMol3模块 在工具栏上点击“DMol3”按钮，或者从菜单栏里选择“ModuleDMol3Calculation”设置计算任务 在“DMol3 Calculation”对话框中，设置“Task。

获取稳定结构在进行能带结构和态密度计算之前，首先需要确保我们有一个优化稳定的结构这通常涉及到几何优化GeomOpt任务，以确保分子或晶体的几何构型处于能量最低状态打开Dmol3 Calculation在得到FeN4Gr稳定结构之后，直接在FeN4Gr Dmol3 GeomOpt文件夹中双击FeN4Grxsd文件，打开Dmol3 Calcul。

结构优化通过调整原子位置来寻找体系的最低能量构型动力学计算模拟体系随时间变化的动态行为过渡态搜索寻找反应路径上的能量最高点，即过渡态过渡态优化对找到的过渡态进行进一步优化，确保其准确性过渡态确认验证优化后的结构是否为真正的过渡态弹性常数计算计算体系的弹性性质，如弹性。

Dmol3基本任务和参数解读如下一基本任务 单点能计算用于计算给定构型的系统能量 结构优化通过调整原子位置来寻找系统的最低能量构型 动力学分析模拟系统在时间上的演化，如分子动力学模拟二关键参数解读 Geometry Optimization参数 收敛标准包括能量力和位移的收敛标准，用于判断结构。

一建立计算模型 绘制反应物和产物结构在可视化界面新建两个3D Atomisticxsd空文件绘制CH2CHOH反应物分子结构，并命名为reactionxsd绘制CH3CHO产物分子结构，并命名为productxsd二几何优化模型结构 优化反应物结构打开reactionxsd文件，选择DMol3进行计算将任务Task设置为。

优化完成后，1丁烯和环丁烷的结构文件与计算结果分别保存双击1butene DMol3 GeomOpt文件夹的1butenexsd和1buteneoutmol文件，进行热力学性质分析找到Geometry optimization completed部分，记录1丁烯的总能量，然后查看输出文档中的标准热力学量，包括G值将Gtotal从kcalmol转换为Hartree，计算1。

首先，我们需要优化结构选择“Modules”中的“Dmol3”，然后点击“calculation”在“setup”选项中，应选择“Geometry”接着，在“properties”选项中，选择“density of states”“orbital”和“population analysis”特别注意“band structure”选项，选择非周期性的能带结构，而非周期性结构的能带。

使用DMol3进行CH2CHOH分子结构优化设置参数时，将任务从能量改为几何优化，质量设为中等，功能由GGA改为BP优化完成后，重复此操作于productxsd，确保获得精确的优化结果定义原子配对是使用DMol3执行过渡态搜索的关键步骤在可视化界面上，将reactantxsd和productxsd文件呈现在同一页面，使用反应预览。

在Properties选项卡上，勾选Frequency复选框，以便后续进行振动分析这将有助于后续的热力学性质分析执行几何优化运行几何优化计算，优化完成后，1丁烯和环丁烷的结构文件与计算结果将分别保存热力学性质分析双击1butene DMol3 GeomOpt文件夹中的1butenexsd和1buteneoutmol文件在输出文档中找到。

Materials Studio官方教程DMol3能量最低反应路径的计算主要涉及以下内容目的介绍FlexTS模块与DMol3和DFTB+模块结合，在计算和优化多步反应路径中的应用所用模块Materials Visualizer用于可视化建模DMol3用于精确确定过渡态结构和能量分布DFTB+用于搜索整个反应路径Flex。

Dmol3是独特的密度泛函理论量子力学软件，可以研究气相溶液表面和固体系统由于它独特的静电学近似，Dmol3一直是最快的分子密度泛函计算方法之一，使用非局域化的分子内坐标，可以快速优化分子和固体系统的结构使用LSTQST算法和共扼梯度结合，Dmol3可以有效地搜索过渡态，避免了耗时的黑塞矩阵的计算过。

打开一个文件，比如我们上一节做的酒精分子 我们先对这个结构进行优化ModulesDmol3calculation 这一节先简单说一下优化，在setup选项中选择Geometry 再在properties选项中，选择density of states ，orbital，population analysis 小伙伴注意到了么，band structure选不上这是因为能带结构是周期性的。

使用DMol3的LSTQST工具，以反应物和产物结构作为输入，进行过渡态搜索计算完成后，使用TS确认工具绘制反应物中间体和产物之间的能量路径结果分析与优化分析计算结果，确定过渡态结构以及反应路径上的能量变化根据需要进行进一步的优化和调整，以提高计算的准确性和可靠性注意整个计算过程需要仔细。

优化方法不同1Forcite模块中的几何优化采用力场优化策略来对材料分子结构进行优化力场是由子内原子之间的力学相互作用来描述的DMol3模块中的几何优化采用独特的密度泛函理论方法，在保证准确性的同时，能够快速高效地计算出分子的构型2CASTEP模块中的几何优化也是利用了第一原理计算方法来。

建立结构模型在MS中建立需要优化的结构模型选择计算任务点击“DMol3”按钮，选择“Calculation”，或在菜单栏中选择“Module”“DMol3”“Calculation”，设置Task为“Geometry Optimization”设置参数根据需要设置Functional等参数选择计算性质在“Properties”选项卡中选择要计算的性质设置运算。

最后，使用3D Viewer右键单击并选择Display Style对话框中的Atom选项卡，选择Ball and stick样式，记得将文件命名为1butenexsd，便于后续管理第二步，结构优化并执行振动分析计算打开1butenexsd文件，点击DMol3按钮，进入计算对话框在Task下拉列表中选择Geometry Optimization，设置Quality为Medium精度。